La Jeunesse-Africatho est piloté par un COmité de PILotage (COPIL) qui est en lien avec le conseil de l’aumônerie nationale africaine. Il organise et administre les activités de la composante ‘jeune’ de l’aumônerie. Ces membres sont des jeunes appartenant à divers diocèses et cultures d’origines. Le COPIL reçoit mission pastorale de l’aumônerie africaine, qui elle même en reçoit du Service Mission & Migrants de la Conférence des Évêque de France. Répartis en missions et commissions d’activités, les membres du COPIL œuvrent bénévolement à l’animation des activités culturelles et cultuelles des Jeunes-Africatho de France. Ils administrent l’association Africatho.